航母在游戏中是核心火力平台，但需要合理搭配其他舰船才能发挥最大战力。优先选择战巡作为前排抗伤单位，比如ST59或乌拉诺斯之矛，它们的高护甲和血量能有效保护航母免受直接攻击。中排建议配置巡洋舰如奇美拉重炮型或卡利斯托鱼雷型，兼顾对舰输出与防空能力。后排则补充载机舰或高攻驱逐舰，形成立体火力网。
移动速度是编队关键，航母本身属于龟速单位（250移速），因此尽量避免混编低速舰船。如果必须搭配战巡或大型巡洋舰，建议通过增援方式加入战场，避免拖累主力舰队机动性。高速护卫舰如红宝石离子炮型或刺水母防空型适合单独编组为快速反应部队，用于牵制敌方或执行包夹战术。
防空配置不可忽视，光锥防空型或载有林鸮战机的CV3000级能有效应对敌方舰载机威胁。若资源有限，优先升级航母的拦截系统和技术点中的闪避属性。注意舰队中维修船作用有限，后期战斗修复效率偏低，可替换为输出或防空单位，除非针对特定NPC关卡。
特殊场景需调整配置，例如高能辐射区仅允许巡洋舰以上单位进入，可将航母与永恒风暴战巡编组；小行星稀疏区则需改用驱逐舰和护卫舰护航。养成随时查看敌方舰船类型的习惯，针对性调整武器序列，比如面对斗牛级时优先部署红宝石级克制。
最后航母造价高昂且建造周期长，战斗前务必通过基地编队功能集中保护，避免分散部署。热盾冷却期间尽量让航母驻守安全区域，遭遇围攻时果断撤退或拆解重建。合理利用星系迷航和竞技场活动获取设计图纸，逐步强化航母模块。
