独门武功的选择直接影响战斗表现和资源分配效率。游戏内武功分为内功、外功、轻功和特殊武功四大类，每类武功的侧重点不同。内功如九阳神功侧重生存能力，外功如降龙十八掌以高爆发输出见长，轻功如凌波微步提升闪避与先手优势，特殊武功如六脉神剑则具备穿透防御等独特机制。玩家需根据角色定位和阵容需求进行搭配，例如输出型弟子优先外功，而防御型弟子依赖内功支撑坦度。
从实用性角度分析，九阳神功因其全面性成为内功首选。该武功不仅能大幅提升内力与生命值，还附带持续恢复效果，在持久战中表现突出。外功方面，降龙十八掌的群体伤害和附加控制效果使其成为推图与PVP的核心选择，尤其适合主力输出弟子。轻功中凌波微步的优先级较高，其闪避加成能有效规避敌方关键技能，而行动速度提升可抢占先机。特殊武功的六脉神剑凭借无视部分防御的特性，对高护甲目标有显著克制作用。
武功的强度还需结合获取与培养成本综合评估。红甲及以上品质的武功需通过碎片合成或活动获取，其中九阳真经和太极拳等红甲武功可通过任务或BOSS战稳定积累碎片。武功升级至红色品质后，需消耗特定道具进行领悟，最高可提升至金色品质并解锁额外战斗效果。例如金色九阳神功在天人合一领悟等级下，能提供团队减伤光环，大幅提升整体容错率。
阵容搭配时需注意武功与弟子特性的联动。例如小李飞刀组适合搭配高暴击外功，而西门吹雪组更依赖群体伤害武功。独门武功的触发机制也需关注，部分武功需特定按键组合或战斗条件激活，如倚天屠龙记需完成前置任务解锁。后期玩法中，琅嬛福地提供的武功书抄录和秘阁探索能进一步强化关键武功，建议优先投入资源培养核心弟子的主力技能。
大掌门2的武功系统强调策略性与养成深度，没有绝对的最优解。玩家需根据版本环境、资源储备和战斗场景灵活调整，例如PVE侧重AOE伤害，PVP则需平衡输出与控制。定期参与血战、皇陵等活动可稳定获取高阶武功资源，而合理利用修炼重量机制能加速武功成型，避免资源浪费。
