军师在少年三国志系列游戏中是核心战略单位，其作用远超普通武将，主要通过技能释放、属性加成和战术配合影响战局。军师系统通常在玩家达到90级后解锁，初期仅能上阵1名，95级后可同时部署2名。军师不直接参与战斗，而是提供全局增益、群体治疗、控制效果或爆发伤害，例如诸葛亮的石兵八阵能减缓敌军行军速度并封锁撤退，黄承儿的巧变扶桑可为全体恢复血量，庞统的连环计则能大幅提升队伍攻击力。合理选择军师需结合阵营特性，蜀国优先诸葛亮或法正，吴国推荐周瑜，魏国适用荀彧，群雄流派则依赖张宝的召唤能力。
军师的技能效果与资源消耗紧密关联。每支队伍释放军师技会消耗武将和军师的策力，数值与计略点数相当，例如赵云的单骑冲阵需消耗10点策力。技能类型分为攻击、防御、辅助和控制四类，攻击型如颜良的军师技可造成130%伤害率，防御型如荀彧提供护盾和减伤，辅助型侧重回血或增益，控制型则以减速、沉默为主。技能熟练度通过使用次数提升，每进阶一次增加10%效果，最高可达100%。部分武将拥有专属军师技，如貂蝉的红颜惑心能强化吕布战法，这类技能需通过消耗铜币或金铢解锁军师身份后激活。
军师的养成涵盖计谋、法器和奇门三方面。计谋升级需消耗兵法心要，13级后开放升级功能，暴击机制可加速提升进度；法器通过军师碎片领悟，20级解锁，用于强化技能效果；奇门则为对应兵种提供额外属性加成，例如周瑜的法器烈焰飞羽能增强弓手攻击力。养成优先级需匹配阵容需求，例如吴国火弓队应优先提升周瑜的火系计谋等级，而魏国盾兵流则需专注荀彧的水系治疗技能。军师碎片主要通过巅峰论战玩法获取，部分活动也可兑换稀有军师。
实战中军师的站位与技能释放时机至关重要。布阵时需根据兵种特性调整位置，例如谋士应置于后排规避伤害，轻骑兵则需突袭敌方弓手。战斗初期可优先使用控制或增益技能，中后期根据战况选择爆发或治疗技能。部分军师技需配合特定地形或敌方状态触发，例如火攻计谋对灼烧目标造成双倍伤害。跨服争霸等PVP玩法中，军师组合需针对敌方阵容调整，例如对抗速攻队时可选用夏侯渊的疾战突袭缩短回合数，阵地战则依赖诸葛亮的石兵八阵限制敌方移动。
太学技能树中的火、雷、水、风四系加成可提升对应军师技效果，例如风系特异天赋增加5%计力回复速度。兵符和神兽的被动技能也能强化军师作用，例如赤金兵符虎啸九州可延长增益回合。版本更新后新增的军师化神功能进一步扩展养成维度，通过消耗特定材料突破军师等级上限。玩家需定期参与奇珍异兽、九州剧情等玩法获取养成资源，以维持军师体系的竞争力。
